Дайствие происходит спустя три года после Четвертой Мировой Войны. Пятая Хокаге Цунаде, отправляет двух сильнейших шиноби Наруто и Саске на миссию поустранение Орочимару. В логове змеиного санина происходят непридвиденое обстоятельства из-за которого Наруто и Саске попадают в другой мир. Так начинается путешествие главных героев по чужим мирам в надежде вернуться в свой родной мир.