Параллельно с Дэниелом Гарнером, протагонистом игры Painkiller, в Чистилище попадает главный герой повести Морган Филлипс, убитый вместе с любимой во время ограбления магазина. В новом опасном мире он вынужден помочь Небесам сразить одного из генералов Армии Тьмы, чтобы найти свою девушку и отомстить силам зла, повинных в его гибели. Его путь пролегает через опасные земли, среди которых Мёртвый город, Цирк и феодальная Япония.