Командир Кобры пропал. Снейк Айз отправляется в один загадочный городок, ничего не сказав Скарлетт. Найдя обезумевшего Командира Кобры, Снейк Айз становится жертвой культа и узнаёт о скором пробуждении морского монстра, который уничтожит весь мир.