После разгрома XCOM на их базе, Земля была захвачена и почти все страны Совета сдались. Через несколько десятков лет XCOM возродился как феникс из пепла в виде партизанской организации, которая сейчас ищет Командора. Будущие события неплохо встряхнут XCOM и дадут шанс на победу...